絶滅危惧種（ぜつめつきぐしゅ）とは絶滅の危機にある生物種のこと。「惧」の字が常用漢字に含まれていないため、しばしば「絶滅危ぐ種」と表記される。
生物のある種が絶滅すること自体は、地球の生命の歴史においては無数に起きてきた事象である。 しかし、人間の経済活動がかつてないほど増大した現代では、人間活動が生物環境に与える影響は無視できないほど大きく、それによる種の絶滅も発生してきている。
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このような絶滅を防ぐためには、生物環境の保全や、場合によっては人の直接介入が必要とされることがある。
また、保全活動の前提として、どの種が危機にあるのか、どの程度の危機なのか、また危機の原因はなにか、などを知る必要があり、生物種の絶滅危険程度のアセスメントが行われる。