江戸時代に入ると鎖国政策の中でキリスト教の布教が禁止され、
宣教師も追放されてしまうが、それでも南蛮菓子は国内に根付いていった。
これは鎖国中にも行われていた貿易の輸入品に砂糖が含まれていたのと、
国内でも精糖が行われ始めたことによるものである。
江戸初期の慶安元年（1648年）には信州佐久岩村田（現在長野県佐久市岩村田）の
割元職の篠澤佐五右衛門良重が小諸城主青山因幡守に金平糖を献上している。
この文献は子孫の篠澤明剛氏が所有しているが、
現在は佐久市立望月歴史民族資料館にて一般公開されている。
こうして再び開国されるまで日本において独自の発展をしていったため、
現在も南蛮菓子の伝統を受け継ぐ菓子については、
和菓子として扱われている。
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