従来、『鉄炮記』の記述により日本への鉄砲伝来は1543年の種子島より始まるとされてきた。
しかし、近年では、東南アジアに広まっていた火器が1543年前後に倭寇勢力により日本の複数の地域に持ち込まれ、伝来当初は猟銃として用いられていたとする説も提示されている。（宇田川説） だが、欧米の研究家の間では、欧州の瞬発式火縄銃が日本に伝えられて改良発展したものが、逆にオランダによって日本から買い付けられて東南アジアに輸出され、それらが手本となって日本式の機構が東南アジアに広まったものとする説が有力であり、つくば科学万博においてポルトガル館で展示された「スリランカの火縄銃」は、日本製の銃に現地好みの木象嵌を銃床に施した「輸出仕様の堺筒」であるとの見方が日本の古銃研究家の間から出されており、この説を裏付ける資料とされる。
戦国時代以降、日本では近江の国友、同じく日野、紀州の根来、和泉の堺が鉄砲の主要生産地として栄えた。根来のみは織田信長・豊臣秀吉による紀州攻めの影響で桃山期以降衰退したが、国友・日野・堺はその後も鉄砲の生産地として栄え、高い技術力を誇った。
また、築城技術でも火縄銃の性能を活かした横矢掛かり（これ自体はすでに存在していた）などが発達し、赤穂城などに応用された。
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日本の銃器が伝来から幕末までの永きに渡り火縄銃から進歩しなかった理由として、江戸時代に入って徳川綱吉によって諸国鉄砲改めによる百姓の狩猟及び銃の原則所持禁止、銃器の移動制限がなされたことや、鎖国の影響による技術進歩の停滞という通説、フリントロック式は火縄式に比べ強力なバネが装着されており、撃鉄作動時の衝撃が大きく、引金を引いてから一瞬遅れて装薬に着火する機構のため銃身がぶれ、火縄銃に比べ命中率が悪く「一発必中」を好む日本人から嫌われたらしいことのほかに、日本では良質の火打石が産出せず大量生産ができなかったこと、またおそらくはすべての武術と同じく鉄炮術も一種の競技的な要素を含んで流派形式で継承されたため、その結果必然的に器具類の改変は避けられた、という要素も大きく、幕末に実戦を前提として新式銃が輸入されるまでほとんどの銃器が火縄式のままであった。
但し例外として、各大名諸藩で極秘裏に様々な銃器が研究されていたことも事実であり、そのバリエーションは多岐にわたる。幕末新式銃渡来直前に海外事情も考慮してパーカッション式の銃器すら模造、試作されたものの他には、実用の可能性を想定していたものかどうかは何とも評しようがないものが多い。火皿を3つ付けたものや、銃身がリボルバーのように回転する物など三連発の火縄銃や水平二連式短銃など、様々なものが試製されていた。